菌肥最适合在土壤PH值在5.5-7.5范围内(土壤酸碱度呈中性或微酸性最好)的农田土壤中使用，土壤碱性过大、酸性过强的农田土壤里都太适合活菌的生存、繁殖或活动。

　　菌肥一般提前1-2周使用后才能达到最佳使用效果(建议提前早用)，刚施入到地里的菌肥不能起到“立竿见影”的效果，因为菌肥中的菌种施入到地里以后，它需要先适应土壤环境后才能逐渐大规模的繁殖扩散形成庞大的菌群规模而发挥出强大菌群功效。

　　菌肥和有机肥、腐熟农家肥、矿源黄腐酸钾、腐殖酸等肥料一起使用能够发挥出更好的使用效果，但菌肥不能和强酸强碱性、具有杀菌灭菌功效的各类农药(包括杀虫剂、杀菌剂和除草剂)，以及高浓度的化学肥料、未经发酵腐熟的生粪等一起使用，否则菌肥中的活菌会被农药、化肥和继续发酵释放高温的生粪直接杀死。注意：田间打药前后一周内不要往地里施菌肥，同时地里使用菌肥后一周内也不要到地里打农药。

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