在有机粮食生产、加工或搬运任何阶段，有机系统不允许使用遗传改变生物。由于人类尚未完全了解遗传改变生物对环境和健康的潜在影响，有机农业谨慎小心，鼓励使用天然生物多样性。

　　因此，有机标签证明在有机产品的生产和加工过程中未有意识地使用遗传改变生物。常规产品不能保证这一点，因为大多数国家尚未要求含有遗传改变生物的食品贴有关标签。

　　但是，由于常规农业越来越多地使用遗传改变生物和这些生物在环境中的传播方式(如通过花粉)，今后有机农业不能保证有机产品完全不含遗传改变生物。粮农组织出版物 “遗传改变生物、消费者、食品安全和环境” 详细探讨了遗传改变生物。

　　有机农业对自然资源的影响有助于农业生态系统内部的相互作用;这些相互作用对农业生产和自然资源保护都极为重要。产生的生态服务包括土壤形成和改良、土壤稳定、废物循环利用、碳截留、养分循环利用、掠食(害虫)、授粉和生境。

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