除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。菌在分解有机质时需要合成蛋白质，从而需要一定量的氮素，因此土壤中必须保证含有充足的有机质和氮肥，如果田间养分含量不足，可能会造成一定程度的脱肥。

　　再者，选择微生物菌肥一定要根据作物进行选择。例如，针对大田作物，如水稻、玉米、小麦等，建议选择复合微生物肥料。

　　因为复合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、钾养分，以及有机质，使用起来更方便;在单独使用氮肥、磷肥或钾肥的地块，可以配合施用微生物菌剂，起到促生长、抗病抗虫等作用;针对瓜果蔬菜，建议使用生物有机肥，改善瓜果蔬菜的口感和品质。

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