研究表明，长期施用有机肥可以通过影响菌根真菌、食真菌原生动物和线虫之间的多营养微生物组相互作用来提高植物对磷的吸收和作物产量。范等。还发现关键土壤微生物组在维持土壤元素循环和作物产量方面发挥着重要作用。此外，还有铁、硫等。地圈与生物圈之间动态循环中的重要生物元素，参与相关氧化还原的微生物组也对铁硫元素的整个循环产生重大影响。例如，水稻土壤中重要的铁氨氧化过程也是由微生物主导的。然而，目前仍缺乏微生物分离和微生物基因组的信息，一些关键微生物组的功能仍有待进一步研究。谭等。例如，使用多组学方法获得了四种潜在新变形菌的基因组草图，并重建了基因组的代谢途径，揭示了这些新物种在自然界中的潜在作用。随着土壤微生物组检测工具的不断更新和进步，研究人员可以更好地了解土壤微生物组与元素循环在分子、生化、生理和群落水平上的复杂相互作用，进而调控土壤元素循环。未来的研究还应进一步探索土壤微生物组参与关键生物地球化学过程影响元素循环的新机制，以便更全面地预测土壤健康，并最终提出建立健康土壤和提高作物产量的微生物组策略。

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